El centeno es uno de los tres granos de gluten junto con el trigo y la cebada, que integra la sigla TACC (trigo, avena, centeno y cebada). Por esto, no es apta para las personas con alergias y celiaquía. Contiene una proteína llamada secalinas, que es una forma de gluten.
Esta harina se utiliza principalmente para hacer pan: pan de masa madre, pan negro, pan de jengibre y panecillos. Además de galletas, pasteles de frutas y bollos, se transforma en pastas y masa de pizzas, así como un relleno para sopas, salsas y panqueques. El centeno se caracteriza por un sabor agrio y un aroma que recuerda a la nuez en los productos horneados, como es el popular pan de centeno de masa madre.